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所属 |
理学部 化学・生命科学科 |
学外略歴 【 表示 ／ 非表示 】
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分子科学研究所 助教
2010年06月 - 2026年03月
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National Institutes of Health 研究員
2008年03月 - 2010年05月
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名古屋大学 研究員
2005年04月 - 2008年03月
論文 【 表示 ／ 非表示 】
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Computational analysis and molecular dynamics simulation of metformin derivatives as potential α-glucosidase inhibitors for type 2 diabetes 査読あり
Nor Akmalyati Sulong, Hisashi Okumura, Satoru G. Itoh, Chin Fei Chee, Mohd Rafie Johan, Vannajan Sanghiran Lee
RESULTS IN CHEMISTRY 18 2025年11月
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Oligomerization Mechanism of Amyloid β Peptides at Hydrophobic Interfaces Revealed by Molecular Dynamics Simulations 査読あり
Taiga Saito, Tatsuya Ishiyama, Masafumi Sakono, Satoru G. Itoh, Hisashi Okumura
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 129 6794 2025年07月
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Why do histone monomethylation and dimethylation cause a significant difference in binding to LEDGF? 査読あり
Hinako X. Suzuki, Hisashi Okumura, Satoru G. Itoh
JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 162 2025年05月
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Molecular dynamics simulations of amyloid-β(29-42) aggregation in bulk water and at the air-water interface 査読あり
Anne-Idil Farah, Satoru G. Itoh, Hisashi Okumura
BIOPHYSICS AND PHYSICOBIOLOGY 20 2025年
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Nonequilibrium Molecular Dynamics Method to Generate Poiseuille-Like Flow between Lipid Bilayers 査読あり
Masaki Otawa, Satoru G. Itoh, Hisashi Okumura
JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION 20 10199 2024年11月
受賞 【 表示 ／ 非表示 】
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2023年度日本シミュレーション学会 ベストオーサー賞
2023年
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The 3rd International Symposium “Dynamical ordering of biomolecular systems for creation of integrated functions,” Poster Presentation Award
2015年
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平成二十五年度日本生物物理学会中部支部講演会 優秀発表賞
2014年
科研費（文科省・学振）獲得実績 【 表示 ／ 非表示 】
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計算機シミュレーションによる脂質膜上でのアミロイドベータペプチドの凝集過程の解明
研究課題/領域番号：21K06040 2021年04月 - 2024年03月
日本学術振興会 科学研究費助成事業 基盤研究(C) 基盤研究(C)
伊藤 暁
配分額：2730000円 （ 直接経費：2100000円 、 間接経費：630000円 ）
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新たなpH一定のシミュレーションによるアミロイドβのオリゴマー形成機構の解明
研究課題/領域番号：16K18531 2016年04月 - 2019年03月
日本学術振興会 科学研究費助成事業 若手研究(B) 若手研究(B)
伊藤 暁
配分額：2990000円 （ 直接経費：2300000円 、 間接経費：690000円 ）
昨年度に引き続きアミロイドベータペプチド（Abeta）の二量体形成に関する研究を行った。二量体形成はAbetaのオリゴマー形成過程の初期過程である。アルツハイマー病との関連が指摘されているオリゴマーがどのように形成されるのかを明らかにする上で、二量体形成の詳細に関する理解は不可欠である。Abetaにはアミノ酸数が40残基のもの（Abeta40）と42残基のもの（Abeta42）があり、Abeta42の方がオリゴマーを形成しやすいことが知られている。二種類のAbetaの二量体形成の違いを調べることで、オリゴマー形成を引き起こす鍵となる要素を明らかにすることができると考える。そのために、Abeta40及びAbeta42のそれぞれに関して、二分子を水中に入れた系のクーロンレプリカ置換分子動力学シミュレーションを行った。昨年度までのシミュレーション結果で、Abeta42の方がAbeta40よりもベータヘアピン構造を形成しやすいことが分かった。今年度は統計量を増やして結果の信頼性を高めるために、追加のシミュレーションを行った。昨年度までの結果と同様に、Abeta42の方がベータヘアピン構造を形成しやすいことを確認しました。さらに、新たにAbeta42の方がベータヘアピンを形成するために重要なアミノ酸残基の特定に成功した。これらの残基を置換することでAbeta42のオリゴマー形成を抑制できると考えており、アルツハイマー病の治療薬開発に重要な知見を与えることができると期待している。
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計算機シミュレーションで探るアミロイドベータペプチドのオリゴマー形成過程
研究課題/領域番号：24740296 2012年04月 - 2015年03月
日本学術振興会 科学研究費助成事業 若手研究(B) 若手研究(B)
伊藤 暁
配分額：2340000円 （ 直接経費：1800000円 、 間接経費：540000円 ）
新たなシミュレーション手法として、レプリカ置換法及びハミルトニアンレプリカ置換法の開発に成功した。これらの手法を用いることで従来のシミュレーション手法と比較して生体分子の効率的な構造探索が可能となった。これらの手法を用いてアミロイドベータペプチドのオリゴマー形成過程を原子レベルで調べた結果、アミロイドベータペプチド分子同士が近付くとベータ-ヘアピン構造が増加することが分かった。このような分子内ベータ-シート構造が存在すると、さらに分子同士が近付いた時にアミロイド線維中で見られるような分子間ベータ-シート構造が形成されやすいことが分かった。
担当経験のある科目(本学以外) 【 表示 ／ 非表示 】
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Basic statistical mechanics
2025年02月
科目区分：大学院専門科目
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情報科学
2024年04月 - 2026年03月 機関名：中京大学
科目区分：学部教養科目
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情報と技術
2023年09月 - 2026年03月 機関名：中京大学
科目区分：大学院専門科目
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生体分子シミュレーション
2023年04月 - 2026年03月 機関名：総合研究大学院大学
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構造化学特論III
2020年01月 機関名：九州大学
科目区分：大学院専門科目