論文 - 石黒 直哉
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環境DNA分析による入間川支流のホトケドジョウの生息地調査 査読あり
石黒直哉，加藤優斗
野生復帰 11 9 - 14 2023年03月
担当区分：筆頭著者, 責任著者 記述言語：日本語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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城西大学坂戸キャンパス周辺の湧水を起源とする水環境
真野博，石黒直哉，加藤優斗，中澤秀道，石田美咲乃，戸井田和希，稲垣喜弘，萩原章，河合清，小西修也，松田映子，石崎光一，林弥生子，石井邦夫，中西一至，真野樹子，大澤吉弘，君羅好史，松本明世
地域と大学ー城西大学・城西短期大学地域連携センター紀要ー ( 2 ) 102 - 112 2022年03月
担当区分：第二著者 記述言語：日本語 掲載種別：研究論文（大学，研究機関等紀要）
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Establishment of a detection system for the invasive species Chelydra serpentina using environmental DNA 査読あり
Ishiguro N, Jinno K, Saito T, Kato H
12 17 - 26 2021年07月
担当区分：筆頭著者, 責任著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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環境DNA分析にも有効なスナヤツメ隠蔽種判別法の確立 査読あり
石黒直哉，高山晃徳，齊藤達也，金澤光
DNA鑑定 12 41 - 49 2021年07月
担当区分：筆頭著者, 責任著者 記述言語：日本語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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川越市小・中・大学連携理科ふれあい事業への取り組み～2018，2019年度～
石黒直哉，宇和田貴之，北川浩子
城西大学教職課程センター紀要 ( 5 ) 61 - 64 2021年03月
担当区分：筆頭著者, 責任著者 記述言語：日本語 掲載種別：研究論文（大学，研究機関等紀要）
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「子ども大学にしいるま」への化学科の取り組み
橋本雅司，宇和田貴之，秋田素子，石黒直哉，見附孝一郎，阪田知巳，森田勇人，石川満
城西大学教職課程センター紀要 ( 5 ) 53 - 59 2021年03月
記述言語：日本語 掲載種別：研究論文（大学，研究機関等紀要）
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ミトコンドリアDNA調節領域の塩基配列分析によるヤマノカミの遺伝的多様性 査読あり
石黒直哉, 藤田健太郎, 田原大輔, 竹下直彦
DNA鑑定 11 ( 1 ) 31 - 39 2019年11月
担当区分：筆頭著者 記述言語：日本語 掲載種別：研究論文（学術雑誌） 出版者・発行元：DNA鑑定学会
The roughskin sculpin, Trachidermus fasciatus （Scorpaeniformes：Cottidae）, is distributed in Japanese, Chinese, and Korean coastlines and the rivers flowing into these water bodies. The roughskin sculpin has a catadromous life history：spawning occurs around the shallow mudflats of the bay, and the larvae ascend upstream of the major rivers. Here we investigated the genetic diversity of the roughskin sculpin using nucleotide sequence data from the mitochondrial control region（715 bp）of 86 individuals collected from 12 rivers in the Ariake Bay. In total, 10 haplotypes were observed from 13 permutation sites. The most dominant haplotype was shared by 11 rivers. However, the haplotype network did not show a star-like shape. The haplotype and nucleotide diversities were 0.838 and 0.00589, respectively. The estimate of pairwise F ST did not show a significant difference in nine out of the 10 populations. The estimated divergence time for the Japanese and Chinese populations was much greater than that expected for the apparently relictual population distributed in the Ariake Bay.
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環境DNAを用いたアベサンショウウオ（Hynobius abei）の分布とその生息域におけるアメリカザリガニの侵入調査 査読あり
日和 佳政，藤長 裕平，鈴木 裕士，矢島 美貴，石黒 直哉
DNA多型 27 ( 1 ) 1 - 8 2019年07月
担当区分：最終著者 記述言語：日本語 掲載種別：研究論文（学術雑誌） 出版者・発行元：日本DNA多型学会
Environmental DNA (eDNA) requires less time and effort compared to traditional surveys to detect species. Many habitat surveys, there, can be applicable using eDNA. Here we developed new PCR primer pairs for eDNA method to monitor Japanese endangered salamander, Hynobius abei. Also, invasion of American crayfish that preys on salamander is confirmed at several sites where H. abei habitats. Therefore, we designed PCR primer sets to detect American crayfish invasion to H. abei habitats. This eDNA method was carried out using water samples collected from eight habitats of H. abei. The eDNA method detected five habitats of H. abei in the western area of Echizen Fukui. In addition, the eDNA method revealed crayfish invasion in 8 H. abei habitats of 23 habitats we surveyed. We conclude that the eDNA method is a powerful tool for the monitoring H. abei, and crayfish invasion to H.abei habitats.
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川越市「小・中・大学連携理科ふれあい事業」への取り組み
宇和田 貴之，石黒 直哉，北川 浩子
城西大学教職課程センター紀要 ( 3 ) 85 - 90 2019年03月
担当区分：第二著者 記述言語：日本語 掲載種別：研究論文（大学，研究機関等紀要） 出版者・発行元：城西大学教職課程センター
川越市が市内の小・中学生の理科に対する興味・関心や知的好奇心，探究心を醸成するため毎年度開催している川越市「小・中・大学連携理科ふれあい事業」では，川越市近隣大学の教員および学生を小・中学校に招き，理科に関する実験・実習を行っている。本学理学部化学科の教員は本事業に継続的に参加し貢献している。本稿では2016～2017年度の我々の本事業への取り組み内容を報告し，理学部教員としての地域への貢献のあり方を考察する。
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Habitat of a native freshwater shrimp Paratya improvisa in Iruma River system in Saitama Prefecture and the invasion status of alien species, Neocaridina spp. 査読あり
Naoya Ishiguro, Naoki Tamura, Manami Ohkashiwa
DNA鑑定 10 ( 1 ) 51 - 57 2018年11月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌） 出版者・発行元：DNA鑑定学会
Paratya improvisa is a freshwater shrimp species indigenous to eastern Japan. Originally, no species of the genus Neocaridina inhabited this region ; however, invasion by Neocaridina species has been confirmed in Shiga, Kanagawa, Chiba, Miyagi Prefectures and Hokkaido. In this study, the mitochondrial DNA analysis of cytochrome oxidase subunit I gene demonstrated that Neocaridina species have invaded almost all areas within Saitama Prefecture. The presence of indigenous P. improvisa was observed in only two areas in the upper river basins. Our findings indicate that the prevalence of Neocaridina species increases further downstream within the same river system. In addition, Neocaridina species have also adapted to irrigation canals and other environments containing less water.
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mtDNA COII遺伝子領域の解析によるゲンジボタルの養殖個体と野生個体の地域個体群の判定
齊藤 達也, 石黒 直哉, 佐藤太一郎
DNA多型 26 ( 1 ) 64 - 68 2018年07月
担当区分：筆頭著者 記述言語：日本語 掲載種別：研究論文（学術雑誌） 出版者・発行元：日本DNA多型学会
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Rapid and effective isolation of candidate sequences for development of microsatellite markers in 30 fish species facilitated by kit-based target capturing and massively multiplexed parallel sequencing 査読あり
1. Takeshima, H., N. Muto, Y. Sakai, N. Ishiguro, K. Iguchi, S. Ishikawa, M. Nishida
Conservation Genetics Resources 9 479 - 490 2017年02月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌） 出版者・発行元：Springer
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DNAを用いた越前市における外来淡水エビの侵入調査 査読あり
日和佳政・木村祐哉・石黒直哉
DNA多型 23 ( 1 ) 96 - 99 2015年07月
記述言語：日本語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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核DNAマーカーによるドジョウとカラドジョウの判別 査読あり
石黒直哉・小谷舞・日和佳政・田原大輔
DNA多型 23 ( 1 ) 100 - 102 2015年07月
担当区分：筆頭著者 記述言語：日本語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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福井県越前市西部地域に生息するドジョウの遺伝的特性 査読あり
日和佳政・新井文八・藤長裕平・鈴木克欣・田原大輔・石黒直哉
DNA多型 22 ( 1 ) 84 - 88 2014年07月
記述言語：日本語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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福井県に生息するドジョウの遺伝的特性 査読あり
石黒直哉・持田宇晃・日和佳政・田原大輔
DNA多型 22 ( 1 ) 89 - 93 2014年07月
担当区分：筆頭著者 記述言語：日本語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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“赤魚”のＤＮＡ鑑定
石黒直哉・平林雄一郎
福井工業大学研究紀要 42 2012年06月
担当区分：筆頭著者 記述言語：日本語 掲載種別：研究論文（大学，研究機関等紀要）
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カジカ類４種のミトコンドリアゲノム全塩基配列の比較 査読あり
石黒直哉・長谷川喬之
DNA多型 20 ( 1 ) 119 - 126 2012年05月
担当区分：筆頭著者 記述言語：日本語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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Multiplex-PCR法によるフクロアミ属２種の簡易識別法 査読あり
石黒直哉・水野剛志・石田俊史・富永修
DNA多型 20 ( 1 ) 114 - 118 2012年05月
担当区分：筆頭著者 記述言語：日本語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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水産加工食品の原材料のＤＮＡ鑑定の有効性
水野剛志・平林雄一郎・石黒直哉
福井工業大学研究紀要 41 381 - 386 2011年06月
記述言語：日本語 掲載種別：研究論文（大学，研究機関等紀要）
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ミトコンドリアゲノム調節領域における高知県産アラレガコの遺伝的多様性
石黒直哉・奥村祐理哉・水野剛志
福井工業大学研究紀要 40 320 - 325 2010年06月
担当区分：筆頭著者 記述言語：日本語 掲載種別：研究論文（大学，研究機関等紀要）
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Divergence time of the two regional medaka populations in Japan as a new time scale for comparative genomics of vertebrates 査読あり
Davin H. E. Setiamarga, Masaki Miya, Yusuke Yamanoue, Yoichiro Azuma, Jun G. Inoue, Naoya B. Ishiguro, Kohji Mabuchi, Mutsumi Nishida
Biology Letters 5 812 - 816 2009年07月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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ミトコンドリアゲノムND4遺伝子領域における福井県産アラレガコの遺伝的多様性
石黒直哉
福井工業大学研究紀要 38 ( 1 ) 263 - 268 2008年05月
担当区分：筆頭著者 記述言語：日本語 掲載種別：研究論文（大学，研究機関等紀要）
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Heterotypy in N-terminal region of Growth/Differentiation Factor 5 (GDF5) mature protein during evolution of teleosts 査読あり
Koji Fujimura, Yohey Terai, Naoya Ishiguro, Masaki Miya, Mutsumi Nishida, Norihiro Okada
Molecular Biology and Evolution 25 ( 5 ) 797 - 800 2008年05月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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Phylogenetic relationships among anchovies, sardines, herrings and their relatives (Clupeiformes), inferred from whole mitogenome sequences 査読あり
Sebastien Lavoue, Masaki Miya, Kenji Saitoh, Naoya B. Ishiguro, Mutsumi Nishida
Molecular Phylogenetics and Evolution 43 ( 3 ) 1096 - 1105 2007年06月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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サクラマス３亜種のミトコンドリアゲノム全塩基配列の比較
石黒直哉
福井工業大学研究紀要 37 ( 1 ) 243 - 250 2007年05月
担当区分：筆頭著者 記述言語：日本語 掲載種別：研究論文（大学，研究機関等紀要）
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Molecular systematics of the gonorynchiform fishes (Teleostei) based on whole mitogenome sequences 査読あり
Sebastien Lavoue, Masaki Miya, Jun G. Inoue, Kenji Saitoh, Naoya B. Ishiguro, Mutsumi Nishida
Molecular Phylogenetics and Evolution 37 ( 1 ) 165 - 177 2005年10月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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sundasalanx (Sundasalangidae) is a progenetic clupeiform, not a closely-related group of salangids (Osmeriformes): Mitogenomic evidence 査読あり
Naoya B. Ishiguro, Masaki Miya, Mutsumi Nishida
Journal of Fish Biology 67 ( 2 ) 561 - 569 2005年08月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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沖縄県慶良間諸島沖から採集されたトゲハタタテガレイ（新称）（カレイ目ベロガレイ科）
尼岡邦夫. 遠藤広光. 石黒直哉
I.O.P. Diving News（伊豆海洋公園通信） 15 ( 10 ) 2 - 5 2004年09月
記述言語：日本語 掲載種別：研究論文（大学，研究機関等紀要）
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Molecular phylogeny and possible scenario of ponyfish (Perciformes: Leiognathidae) evolution 査読あり
Kou Ikejima, Naoya B. Ishiguro, Minoru Wada, Kumiko Kita-Tsukamoto, Mutsumi Nishida
Molecular Phylogenetics and Evolution 31 ( 3 ) 904 - 909 2004年06月
担当区分：第二著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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Basal euteleostean relationships: A mitogenomic perspective on the phylogenetic reality of the "Protacanthopterygii" 査読あり
Naoya B. Ishiguro, Masaki Miya, Mutsumi Nishida
Molecular Phylogeneticsand Evolution 27 ( 3 ) 476 - 488 2003年06月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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Mitochondrial genomics of ostariophysan fishes: Perspectives on phylogeny and biogeography 査読あり
Kenji Saitoh, Masaki Miya, Jun G. Inoue, Naoya B. Ishiguro, Mutsumi Nishida
Journal of Molecular Evolution 56 ( 4 ) 464 - 472 2003年04月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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Major patterns of higher teleostean phylogenies: A new perspective based on 100 complete mitochondrial DNA sequences 査読あり
Masaki Miya, Hirohiko Takeshima, Hiromitsu Endo, Naoya B. Ishiguro, Jun G. Inoue, Takahiko Mukai, Takashi P. Satoh, Motoomi Yamaguchi, Akira Kawaguchi, Kohji Mabuchi, Shigeru M. Shirai, Mutsumi Nishida
Molecular Phylogenetics and Evolution 26 ( 1 ) 121 - 138 2003年01月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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Complete mitochondrial DNA sequence of Ayu Plecoglossus aitivelis 査読あり
Naoya Ishiguro, Masaki Miya, Mutsumi Nishida
Fisheries Science 67 ( 3 ) 474 - 481 2001年06月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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尾鰭の欠損したイシガキダイ 査読あり
石黒直哉, 西田睦
魚類学雑誌 45 ( 1 ) 43 - 45 1998年05月
担当区分：筆頭著者 記述言語：日本語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）